Esta história se concentra principalmente na heroína Rin Tohsaka. Após a morte de seu pai, Rin entra na Guerra do Santo Graal como a única herdeira da prestigiosa família Tohsaka, com seu servo Arqueiro. Mas, ela logo descobre que Shirou Emiya, um garoto de sua escola se envolveu nas batalhas e inesperadamente o salvou quando ele estava ferido fatalmente. Em pouco tempo, Rin se propõe a derrubar as conspirações em torno da Guerra do Santo Graal junto com Shirou e seu servo Sabre. E assim, a história começa a explorar a verdade por trás de poderes de Shirou e da natureza por trás de sua vontade inabalável para se tornar um "herói".