2997 d.C., a Terra está unificada em uma só nação. Com uma civilização altamente desenvolvida, as pessoas estão passando seus dias, lânguidos e preguiçosos. Um dia, um objeto esférico grande cai na Terra do espaço. Acredita-se que seja trabalho do Capitão Harlock. Entretanto, era um alvo disparado por uma raça alienígena desconhecida, que planeja invadir a Terra. Há quatro pessoas que conhecem este fato, Professor Daiba e seu único filho Tadashi, Professor Kusco e o Capitão Harlock, pirata do espaço. Entretanto, o Professor Daiba é assassinado por um subordinado da Rainha Rafflesia de Mazone, que está conduzindo a invasão à Terra. Harlock, ciente da crise que cerca a Terra, começa a lutar contra Mazone. Enquanto isso, Tadashi, filho do Professor Daiba, pensando que Harlock matou seu pai, embarca na nave Arcadia, para vingar seu assassinato. Entretanto, durante as numerosas batalhas que seguem, percebe gradualmente seu erro, enquanto sua coragem cresce.