Fate/Zero'dan 10 yıl sonrasında geçmektedir. Fuyuki Şehrinde ortaya çıkan ve kazananın dileğini gerçekleştirecek olan Kutsal Kase için 7 Büyücü ve kendilerine komut büyüleriyle bağlı olan 7 hizmetkarın arasında geçen "Kutsal Kase Savaşı"nı konu almaktadır. Baş karakteriz Emiya Shirou, babasını 5 yıl önce kaybeden ve ona babasından miras kalan dileği, adaletin savaşçısı olmak olan bir lise öğrencisidir. Birgün okuldan geç vakitte ayrılırken, ilginç kıyafetlere sahip ve ellerinde mızrak ile kılıçlar ile birbirine saldıran iki kişinin savaşına tanık olur. Mızraklı kişi savaşı bırakıp kendisi takip eder ve mızrağını Shirou'nun kalbine saplar. Ama ertesi gün mucizevi bir şekilde iyileşmiş olarak evinde uyanır.