Nachdem fast die gesamte Erdbevölkerung durch Nanobots infiziert wurde, die befallene Lebewesen in aggressive Monster, sogenannte „Evos“, verwandeln, wird eine internationale Organisation namens „Providence“ gegründet, um die Bedrohung abzuwenden. Auch der erst 15-jährige Rex wurde ein Opfer der Nanobots, besitzt aber die einzigartige Fähigkeit, diese zu kontrollieren und dadurch Evos zu bekämpfen. Für „Providence“ nimmt er den Kampf auf …