Tief unter dem Meeresspiegel liegt die versunkene Stadt "Quetzo" - die Heimat von Flipper. Er lädt seinen Freund Lopaka zu sich nach Hause ein, aber es gibt Ärger: Flippers Erzfeind, der Octopus Dexter, macht den beiden Freunden den Prozess. Er beruft sich dabei auf ein ungeschriebenes Gesetz, das Menschen den Zutritt ins Unterwasserreich verbietet. Flipper und Lopaka werden eingesperrt. In der Zwischenzeit hat es in Quetzo ein Unglück gegeben - die anderen Tiere sind in ein Fischernetz geraten. Die beiden Freunde fliehen aus der Gefängnishöhle und befreien die anderen Tiere. Aus Dankbarkeit bieten die Unterwasser-Bewohner von Quetzo dem Menschenkind Lopaka ihre Freundschaft an...