La historia presenta al protagonista como un estudiante de primaria por primera vez en la franquicia. El anime tendrá un nuevo tipo de duelo llamado “Rush Duel” y se desarrolla en el futuro en la ciudad de Goha. Yuuga, un estudiante de quinto grado, ama crear cosas y tener duelos. Su compañero de clases, Luke, se autodenomina “el mejor duelista en Goha 7 de educación primaria”. Gakuto es el presidente del consejo de estudiantes y Romin es compañero de clases de Yuuga.