Himura Kenshin es un vagabundo con un pasado oscuro y un carácter alegre. No es un ronin, sino un rurouni; nunca fue un samurái, sino un asesino de enorme habilidad durante la Restauración Meiji, que en un punto decisivo de la guerra simplemente se apartó y se marchó. Sus viajes lo llevan a Tokio en el año 11 de la era Meiji, donde entabla amistad con una maestra de kendo, un antiguo ladrón, un luchador y un doctor, cada uno con sus propios secretos. Juntos se enfrentan a los enemigos que emergen del oscuro pasado del que Kenshin no puede escapar.