Los personajes y sus antecedentes eran, en su mayoría, la continuación con las películas Mortal Kombat y Mortal Kombat: Annihilation, aunque los elementos del Mortal Kombat 3 se incluyeron. Los episodios comparten muy poca relación con cualquiera de los juegos, aunque el diseño de los personajes se basan en su Mortal Kombat 3 y Ultimate Mortal Kombat 3 (con excepción de Kitana, cuyo diseño se parece a una mezcla de su personaje en MK2 y UMK3, también, algunas libertades fueron tomadas con diseños de algunos personajes, como Sonya). Quizás el aspecto más notable de la serie era el debut de Quan Chi, un personaje clave en la serie MK, que era el villano de Mortal Kombat 4 y parte de la Deadly Alliance.