Kyon es un estudiante de secundaria superior que recientemente ha dejado atrás sus fantasías de sucesos paranormales, viajeros del tiempo, y aliens, junto con la escuela secundaria inferior. Sin embargo, cuando elige hablar con una chica excéntrica que responde al nombre de Haruhi Suzumiya el primer día de clase, intencionalmente desata una cadena de eventos que lo llevan a situaciones enteramente diferentes del mundo real.