Marnie Piper intègre la prestigieuse université d'Halloweentown, Witch University, dans le but avoué de devenir une merveilleuse sorcière. Contrainte par sa mère d'emmener avec elle son jeune frère, le surdoué Dylan, elle déchante vite devant les conditions de vie sur le campus. L'ambiance n'est, en effet, pas celle dont elle avait rêvée : les règles de vie y sont strictes et aucune magie n'est tolérée. Pire, d'étranges phénomènes se produisent çà et là et n'augurent rien de bon pour la suite des évènements.