Yu-Gi-Oh! GX se déroule 10 ans après les évènements de la série originale Yu-Gi-Oh!. L'histoire suit Jaden Yuki (Jüdai Yuki dans la version japonaise) à la Duel Academy, une école fondée par Seto Kaiba pour enseigner aux jeunes duellistes ​​le jeu Duel Monsters. En utilisant son deck Elemental Hero et la carte Kuriboh Ailé reçue par Yûgi Muto, Jaden va se faire divers nouveaux amis et rivaux et relever de nombreux défis dans sa quête pour devenir le prochain King of Games.