Quando il duca di Milano viene brutalmente ucciso, Giovanni Auditore, un Assassino, viene incaricato di investigare sul delitto. La sua missione è di identificare il colpevole e conoscere le ragioni del suo gesto. Le risposte che troverà sveleranno il coinvolgimento di alcune delle più importanti famiglie italiane e persino del Vaticano. Avvicinandosi alla verità, lo stesso Giovanni finirà col diventare una preda. Dovrà inchiodare i cospiratori prima di diventarne lennesima vittima Si tratta di eventi precedenti la vicenda narrata in Assassins Creed 2.