Un giorno, nella città di Mikado si aprì un Portale verso un altro mondo. I Neighbor, invasori provenienti da un'altra dimensione, invasero l'area attorno al Portale, gettando la città nel panico. A sorpresa, un'organizzazione misteriosa fece la sua comparsa e scacciò i Neighbor. L'organizzazione, chiamata Border Defence Agency, svolge ricerche indipendenti sulla tecnologia Neighbor e combatte per difendere il nostro mondo. In poco tempo costruirono un'enorme base e misero a punto un sistema di difesa contro i Neighbor. Da quel giorno sono passati quattro anni.