Yu-Gi-Oh! GX inizia dieci anni dopo gli eventi Yu-Gi-Oh!, e segue le avventure di Jaden Yuki, studente all'Accademia del Duellante, un istituto speciale creato da Seto Kaiba per insegnare ai giovani duellanti tutto riguardo al gioco del Duel Monsters. Con il suo mazzo di Eroi Elementali e un Kuriboh Alato regalatogli da Yugi Muto, Jaden stringerà amicizie e affronterà numerose sfide lungo la sua strada per diventare il prossimo Re dei Giochi.