Sono passati 4.000 da quando l'umanità ha abbandonato la Terra. Costretta a combattere una forma aliena di vita, la Gnosi, l'umanità ha sviluppato KOS-MOS - un androide da combattimento con funzionalità sorprendenti. Quando una nave che trasporta androide viene attaccata, KOS-MOS si attiva e salvare il suo creatore, Shion Uzuki. Ma KOS-MOS non obbedisce agli ordini ed avvia un qualche piano sconosciuto. Dopo che la nave viene distrutta Shion e i suoi compagni si ritroveranno di colpo nel mezzo di una battaglia con la Gnosi, U-TIC Organization e propri superiori. Una battaglia dove non sono chiare le parti.