약 28만 명의 인구가 사는 일본의 지방도시에 다른 차원과 연결된 게이트가 열리고, 이 게이트를 통해 나타나는 네이버란 괴물들을 격퇴하기 위해 차원경계 방위기관인 보더가 설립된다. 그로부터 4년 뒤, 보더의 견습대원인 소년 미쿠모 오사무와 인간의 모습을 한 네이버 쿠가 유우마의 만남으로 인해 세계는 새로운 전기를 맞이하는데...