유우기와 쥬다이의 시대로부터 수십 년 후. 도미노 시티는 '네오 도미노 시티'라 불리며, 상류 계층이 사는 '시티'와 빈민가를 연상시키는 하층민들의 거주지 '새틀라이트'로 나뉘어 있었다. 새틀라이트에 살고 있는 주인공 '후도 유세이'는 자신과 동료들을 배신하고 시티로 떠나 킹이 된 '잭 아틀라스'를 만나기 위해 시티로의 잠입을 시도하고 그곳에서 만난 잭과 듀얼하게 된다. 잭의 에이스 카드 [레드 데몬즈 드래곤]과 유세이의 에이스 카드 [스타 더스트 드래곤]이 부딪치는 순간 잭과 유세이의 팔에서 붉은 반점이 나타나고, 듀얼을 하던 경기장에서는 붉은 용이 나타나 어쩔 수 없이 듀얼을 중지하게 된다. 그리고 찾아온 보안관들에게 유세이는 새틀라이트 인의 몸으로 시티에 출입한 죄를 물어 잡혀가게 된다. 그곳에서 만난 '야나기 노인'에게 시그너에 관한 이야기를 듣고 자신이 시그너라는 사실을 알게 된다. 이후 '렉스 고드윈 장관'에 의해 시큐리티 감옥에서 출소한 유세이는 동료를 인질로 잡혀 포츈 컵에 나가게 되고 그곳에서 자신을 구해준 '루카', '루아' 남매와 또다른 시그너 '이자요이 아키' 등을 만난다. 아키를 쓰러뜨리고 결승에서 잭과 만나게 된 유세이는 반드시 이기고 말겠다고 결의하는데...