W czasie pełnionej misji elitarny oddział komandosów G. I. Joe wpada w pułapkę. Nieliczni ocaleni - Roadblock, Flint i Jaye, zostają oskarżeni o zbrodnie, których nie popełnili. Wkrótce walczący o odzyskanie dobrego imienia żołnierze powracają, by stawić czoła organizacji KOBRA oraz nowemu, niebezpiecznemu wrogowi z kręgów rządowych. Czy uda im się odkryć prawdę i pokonać tajemniczego przeciwnika?