Scenariusz oparty jest na opowiadaniu Josepha Conrada "Jądro ciemności" i relacjonuje historię wyprawy kapitana Benjamina Willarda. Bohaterowi polecono zlikwidowanie szalonego pułkownika Kurtza, który na własną rękę rozpoczął morderczą wojnę na pograniczu wietnamsko-kambodżańskim. Po odnalezieniu pułkownika Willard ma według własnego uznania go zabić bądź wezwać bombowce, które zniszczą obóz. Wraz z grupką żołnierzy kapitan rusza łodzią patrolową w górę Mekongu.