Ash, Rocko und Lucia besuchen das beschauliche Städtchen Crown City. Dort treffen sie auf das kleine Pokémon Zorua. Sie erfahren, dass Zorua von dem fiesen Kodai entführt wurde, um somit Zoruas Freund, das Pokémon Zoroark, zu erpressen. Kodai plant, Celebi zu fangen, das Pokémon, das durch die Zeit reisen kann. Ash und seine Freunde beschließen natürlich, Zorua zu helfen und gemeinsam nach Zoroark zu suchen. Doch kurz darauf wird Crown City ohne Vorwarnung von den Legendären Pokémon Entei, Suicune und Raikou angegriffen ...