科学省の天馬博士により制作されたロボット・アトムは天馬博士のエゴによりサーカスに売られてしまう。しかし新しい科学省長官のお茶の水博士によって救い出され、アトムは晴れて自由の身となった。そして、世のため人のため活躍することに。